하지만 포항의료원 무기계약직군으로 분류된 조리원과 간호조무사들에 대해서는 기관성과급을 지급해오지 않고 있어 문제가 심각한 상황임. 

기관성과급은 개인에 대한 성과평가가 아닌 기관의 운영평가에 따른 성과급으로서, 포항의료원의 유지운영을 위해 노동해왔던 노동자들이 무기계약직이라는 이유만으로 인정받지 못하고 지급받지 못하는데서 오는 상대적 박탈감과 소외감이 심각한 상황임.

하지만 포항의료원은 내부규정이 없다는 이유만으로 계속해서 지급을 거부하고 있으며, 관리감독을 해야할 경북도청은 ‘포항의료원이 자율성과 주체를 지니는 법인이기 때문에 직접 지도감독하기 어렵다’라며 책임을 회피하고 있음.

노동조합은 이와같은 상황에 대해 법적검토를 받은 바 있으며, 근로기준법에 위반한다는 검토의견을 받았음. 

또한 이미 서울의료원에서는 기간제노동자들에게 기관성과급을 지급하지 아니한 것 마저 차별이라고 법적인정을 받은 상황임.

동일한 사업장에서 사업장에 대한 운영평가를 전직원들이 받고있고, 그 평가에 기반한 성과급을 지급하는데에 있어 합리적 이유없이 차별을 당하고 있는 상황을 철저히 조사하고, 차별적 행위로 인한 인권침해 상황이 바로잡힐 수 있도록 공공운수노조 의료연대본부 포항의료원분회는 국가인권위 진정신청 기자회견을 열고 인권위에 진정서를 제출하고자 함.